不认同公司的文化制度只能辞职吗？

来公司半年有余，刚开始在公司工作的顺顺利利的。后来公司成立了专门的监督部门。许许多多员工对这个新成立的`部门颇有微词。大都以无人性，专断来衡量。同为同事，理解出现偏差，必须扣自己的工资。即使出现所谓的仲裁委员会，但是形同虚设，委员会里都是那新型公司的领导，护犊子心切严重。
曾经尝试与领导沟通，但直接上司说无奈，因为上司也无奈。尝试匿名上访，但却遭到公司调查。终究无法认同公司制度，是直接提建议还是无名的辞职？（公司员工正在陆陆续续的因为这个原因辞职）